Иван Карайотов е роден е на 20 декември 1941 г. в село Лозен, Хасковска област. Завършва гимназия в Бургас. От 1963 до 1965 г. следва пет семестъра теология в Духовната академия “Св. Климент Охридски”. През 1971 г. завършва Софииския университет “Св. Климент Охридски” със специалност Класическа филология, след което две години работи като археолог в Градския музей в Сандански. От април 1972 г. е завеждащ отдел “Археология” в Областния исторически музей в Бургас. През 1974 г. Карайотов е избран за научен сътрудник по антична археология. В 1985 г. той защитава кадидатска дисертация, а шест години по-късно и докторска. И двата му доктората са посветени на месамбрийското монетосечене. От 1996 г. Карайотов е старши научен сътрудник ІІ степен, а от 2003 ст. н. с. І степен в Регионален Бургаски музей.
От декември 2005 г. Иван Карайотов е професор по антична археология в Шуменския университет “Епископ Константин Преславски” и преподавател по класическа археология и други археологически дисциплини. През 2001 г. е избран за Почетен гражданин на град Бургас.
През 2011 г. издава заедно със Стоян Райчевски и Митко Иванов книгата “История на Бургас. От древността до средата на ХХ век”.
Авторът няма публикации все още.